I det sydvestlige hjørne af Hørsholm Kommune ligger en af Nordsjællands største og smukkeste naturperler: Sjælsø. Den strækker sig ca. 3 km i øst-vestlig retning og er ca. 1,2 km i nord-sydlig retning. Den sydlige del af søen ligger i Rudersdal Kommune, mens den vestlige del ligger i Allerød Kommune. Det er derfor åbenbart, at forhold vedrørende søen kræver koordination og samarbejde imellem alle kommunerne.

Den tidligere spildevandstilførsel og overløb til søen under regn har bevirket, at indholdet af næringssaltene kvælstof og fosfor fortsat er meget højt. Det er først i løbet af 90’erne at der er begyndt at vise sig et svagt fald i indholdet af kvælstof. Der er endnu ikke set fald i indholdet af fosfor, da det stadig frigives fra bundsedimentet.

Regionplanen kræver, at vandet i Sjælsø skal kunne anvendes til drikkevand. Det betyder, at søen i særlig grad skal beskyttes mod påvirkning og aktiviteter, der kan medføre forringelser af vandets kvalitet. I dag forekommer der stadig udledning af opspædet spildevand under kraftig regn fra de vandløb, som fører til Sjælsø. Der er også næsten hvert år opblomstring af blågrønalger, som også påvirker Usserød Å. Det er derfor af mange grunde vigtigt, at der fortsat - i fællesskab - arbejdes på at få reduceret spildevandsbelastningen til Sjælsø.

Selv for ikke-fuglekyndige er det tydeligt, at der er et sjældent rigt fugleliv på og omkring Sjælsø. Der er fra 1976-2000 således registreret 165 forskellige arter. Heraf 74 ynglefugle inkl. den rødlistede engsnare og 91 raste- og trækfugle, bl.a. karmindompap og rød glente.

Søen er ved at genvinde en god og alsidig fiskebestand efter en længere periode, hvor den i højere grad var præget af forureningen, og i dag er der en stor bestand af velvoksne aborrer, samt et stort antal gedder og der er tillige sandart og ål i søen.